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作为我国传统戏曲中最古老的剧种之一，昆曲的历史可以上溯到元末明初。当时，江苏的昆山（辖今昆山、太仓两处）地区经济繁荣，贸易兴盛，黎民富庶，城乡各个阶层群众对文化娱乐有所追求，当时流行一种以地方音乐为基础的南曲，叫昆山腔。昆山腔的出现也和当时的顾阿瑛等一批文人、士大夫嗜词尚曲有很大关系。而对昆山腔的诞生有直接影响的人物是顾阿瑛的座上客顾坚，他将昆山人唱的南曲与当地的语言和民间音乐相结合的歌唱方法，进行改进，形成了一种受当地人欢迎的曲调，到明初正式被称为"昆山腔"，它与起源于浙江的海盐腔、余姚腔和起源于江西的弋阳腔，被称为明代四大声腔，同属南戏系统。
昆山腔开始只是民间的清曲、小唱。其流布区域，开始只限于苏州一带，到了万历年间，便以苏州为中心扩展到长江以南和钱塘江以北各地，并逐渐流布到福建、江西、广东、湖北、湖南、四川、河南、河北各地，万历未年还流入北京。这样昆山腔便成为明代中叶至清代中叶影响最大的声腔剧种。
这种"小集南唱"、"清柔婉折"的昆山腔，在明中、后期的嘉靖初年被变革发展。当时，居住在江苏太仓的音乐家魏良辅痛感昆山腔的不协音律，于是借张野塘、谢林泉等到民间艺术家的帮助，参照北曲的演唱成就，对昆腔加以改革。经过十余年的努力，终于总结出了一整套昆腔曲唱的规范，形成了昆曲曲唱体系。经过改造后的昆山腔流利清远，柔媚细腻，被称为"水磨腔"。所谓水磨调，是说音调极其细腻柔婉。江南人磨米粉，加水磨出来的最细腻滑润，所以用"水磨"来称呼其因经过各种处理而变得细腻柔婉的曲调。新昆曲博得了众口一词的称赞。
改革后的昆山腔，大大发展了南曲的演唱艺术，而且在曲调运用上，也吸收北曲结构谨严的长处，但它还只是清唱曲，尚未走上戏曲舞台。
完成昆山腔的又一重大革新，将昆山腔推上戏曲舞台，成为戏剧，是由梁辰鱼的《浣纱记》开始。昆山梁辰鱼是一个著名的戏曲作家，精诗词，通音律。魏良辅改腔的成就使他颇受鼓舞，但他还觉得这样的新腔不应只局限于曲坛清歌，必须扩展到舞台之上占有更广阔的天地，于是与精通音理的郑思笠、陈梅泉、唐小虞等人发挥文学优势写作了以西施为主要人物的《浣纱记》传奇，从音乐方面弥补了水磨调"冷唱"的不足，同时把传奇文学与新的声腔以及表演艺术综合在一起，借锣鼓之势与舞台之场面形态，第一次将昆曲搬上剧坛。昆山腔在剧曲中的首次运用，引起了轰动，并很快压倒了其它一切声腔，一时成为最引人注目的戏曲，并流传南北各地，这就是昆剧。
昆山腔的影响迅速在文人士大夫中扩大，文人雅士争相为昆山腔写作传奇剧本，致使明清时代的传奇基本上都是为了昆剧而作的，大半部明清传奇史其实就是昆山腔演剧史。昆剧独占戏曲的鳌头长达两百余年，期间没有任何一个剧种能与之抗衡。到了明后期的万历年间，昆剧的影响已经是从吴中一带扩展到整个江浙地区，上至王公贵族，下至黎民百姓，无不为之倾倒，一跃而为诸腔之首。昆腔传入北京，迅速取代北曲的地位，受到了士大夫和群众的欢迎。明末清初时又流传到四川、贵阳、广东等地，在各地演变出了不同的流派，形成了昆剧昆腔腔系，逐渐发展成为全国性剧种。由于它的独尊地位，因之被称为"官腔"。
昆剧盛行的早期，演的都是全本大戏，往往有四五十出之多，一旦上演，往往连续两天或更长，人们仍然乐此不疲，当时人的狂热由此可见一斑。
从明天启至清康熙末年，是昆剧发展的鼎盛期，新作不断涌出，表演日趋成熟，身段表情，说白念唱，服装穿戴也日益讲究，角色齐全，分工细致，一般剧种，难与抗衡。但由于传奇体制较长，全本演出需要两个晚上或更多时间，随着清代花部诸腔的兴起，倚重生、旦格局，讲究词曲典雅的昆剧受到冲击，经过艺人的演出实践，删除了一些场次，选择精彩的一出或数出，加以充实丰富，作为短剧独立演出，于是，折子戏应运而生。乾隆三十五年（1770）由玩花主人编选的折子戏总集《缀白裘》的问世，标志着昆剧由演出全本传奇到演出折子戏的过渡。折子戏以情节生动、表演细致，给乾、嘉时期昆剧舞台带来了生动活泼的局面。 | 
